Γνωρίζουμε ότι επιλέχτηκε και οικοδομήθηκε στον Προφήτη Ηλία η «πρωτεύουσα» της Κρήτης μετά την ανακατάληψη του νησιού από τους Βυζαντινούς το 961, οι οποίοι την απέσπασαν από τα χέρια των Σαρακηνών που την είχαν κατακτήσει (823 ή 828). Επομένως η θέση μπορεί να ειπωθεί με βεβαιότητα ότι «φιλοξενούσε» οικισμό κατά τη Β΄ βυζαντινή περίοδο.

Το χωριό έδωσε το "παρών" σε όλες τις μάχες της Κρήτης αλλά και στην Εθνική Αντίσταση.